స్వామి వారి బోధనలలో అత్యంత కీలకమైనది మంత్ర శాస్త్ర విశ్లేషణ. ఆయన దృష్టిలో మంత్రం అనేది కేవలం కొన్ని అక్షరాల కూర్పు కాదు, అది ఒక నిర్దిష్టమైన దేవత యొక్క "శబ్ద స్వరూపం" (Sound-form or Vibrational Body). ప్రతి మంత్రానికి ఒక నిర్దిష్టమైన పౌనఃపున్యం (frequency) ఉంటుందని, సరైన ఉచ్ఛారణతో, ఏకాగ్రతతో, నిర్దిష్ట సంఖ్యలో పునశ్చరణ చేసినప్పుడు, సాధకుని చైతన్యం ఆ దేవతా చైతన్యంతో అనుసంధానం అవుతుందని ఆయన శాస్త్రీయంగా వివరిస్తారు.